Un capítulo fundamental en la actividad de cualquier hermandad o institución pública o privada, es la custodia y conservación de la documentación que produce y la que recibe, relativa a su vida asociativa y a sus titulares o fines; labor que corresponde desarrollar a la Secretaría de la misma.
El incendio de julio de 1936, destruyó en gran medida la documentación anterior.
En el caso de la Pontificia, Real e Ilustre Hermandad Matriz de Ntra. Sra. del Rocío, su archivo se organiza en dos grandes aparatados y espacios:
El archivo administrativo, creado en 2011, en el que se conserva la correspondencia recibida y producida más reciente en el mobiliario instalado en el despacho del Secretario, normalmente de los últimos cuatro años, que cuenta con un archivo paralelo en la tesorería de la Hermandad Matriz, custodiado por la propia área de Tesorería.
Y el archivo histórico, al que se incorporan ambos archivos administrativos, que custodia toda la información relevante de la hermandad que supera esos cuatro años de antigüedad.
En este sentido, cabe reseñar que, destruido el archivo histórico de la Hermandad Matriz en el incendio provocado del archivo parroquial de Almonte, en julio de 1936, la documentación que se conserva es fundamentalmente, salvo excepciones, posterior a esta fecha. Destaca en él, el apartado de Libros de Actas, en el que está recogido la vida asociativa de esta institución.
El fondo Infante-Galán y el Fondo Filatélico Rvdo. Antonio Bueno Montes glosan la enorme riqueza del material custodiado por la Hermandad Matriz
Un apartado diferente del archivo histórico lo constituye el fondo Infante-Galán, fondo documental, bibliográfico, hemerográfico y gráfico, reunido por el historiador villalbero, Juan Infante Galán, q.e.p.d., donado a la Hermandad Matriz por su hermana Isabel Infante Galán, a su muerte, en el año 2000. Un riquísimo fondo que ha venido, en parte, a suplir la mutilación sufrida en el archivo del fondo de la Hermandad Matriz, por la riqueza y variedad de su contenido. Se trata de un fondo en el que la Hermandad Matriz ha venido trabajando para su clasificación, ordenación y catalogación, desde entonces, bajo la dirección del profesor, Antonio López Gutiérrez, profesor de la Universidad Pablo de Olavide, del Área de Ciencias y Técnicas Historiográficas, que recientemente ha renunciado a esta responsabilidad.
Bajo la custodia de la Secretaría de la Hermandad Matriz, están, así mismo, los fondos bibliográficos, hemerográficos y gráficos de la misma, y desde febrero de 2018, el Fondo Filatélico Rvdo. Antonio Bueno Montes, q.e.p.d.; una colección de sellos marianos nacionales e internacionales, donada recientemente a la Hermandad Matriz por la familia Bueno-Montes, en cumplimiento de los deseos de este gran sacerdote rociero.